لا يعرف بدقة متى انتقلت اللافقاريات إلى فقاريات، لأن هذا الانتقال تم منذ عهد سحيق يتجاوز أربعمائة وخمسين مليون سنة، أي في الالعصر السلّوري الأدنى، والمعروف أن الأسماك هي الفقاريات الأولى التي ظهرت على سطح الأرض، وكانت جميعها في أول الأمر تنتمي لمجموعة الأسماك المدرعة.
وحتى العصر السلّوري الأعلى كانت أنواع الأسماك لا تزيد في الطول على عشرة سنتيمترات، ثم بدأت تظهر بعد ذلك أنواع من الأسماك المدرعة أرقى وأكبر حجماً وقد أمكن العثور على بقايا الهياكل العظمية الخارجية من هذه الأسماك وقلّما عُثر على هياكلها الداخلية، ويمكن اعتبار الأسماك مستديرة الفم المعاصرة من أحفاد تلك الأسماك المدرعة القديمة.
و لا يمكن على وجه الدقة تحديد أصل الأسماك المدرعة، بيد أن هناك احتمالاً يشير إلى فصيلتين يمكن أن تكون إحداهما أصل هذه الأسماك، وهما الجرابتوليتا وهي من صف الهِيدرَوَانيات التي تنتمي إلى شعبة الجوفمعويات مثل الهيدرا والمران وغيرهما، والفصيلة الثانية هي التريلوبيتا " أو ثلاثية الفصوص، وهي حيوانات قشرية تنتمي إلى شعبة المفصليات.
و مما يرجح هذا الاحتمال أن كلاً من الجرابوليتا والتريلوبيتا وصلتا إلى أقصى مراحل تطورهما في العصر السلّوري. قد تكون فصائل أخرى تفرعت عن هاتين الفصيلتين، إلا أنه من الأرجح أن المفصليات كانت هي الأصل في نشأة الأسماك، فلكيّ يعيش كائن حي في الماء على شكل سمكة، ينبغي أن تتوافر فيه بعض الشروط لكي يتلاءم مع هذه البيئة المائية، حتى يضمن سرعة الحركة في الوسط المائي الثقيل، وطبيعة الجوفمعويات لا تؤيد احتمال وجود هذه الشروط، لكن ثبت أن المفصليات منذ العصر الكامبري في أول الحقب القديمة كانت تتحرك وتزحف على قاع البحر، فمن المحتمل لذلك أنها عاشت على أكثر من صورة، كما يفعل بعض أنواع سرطان البحر حتى الآن في المحيط الهندي.
ولكي يعيش الكائن الحي بطريقة سليمة، يجب أن يزود جسمه بما يساعده على الإحساس بالوسط المحيط به. وقد نتج عن هذه الحاجة نمو أعضاء الحس، وهي أجسام عضوية يمكن أن تتأثر بالجاذبية والطاقة الضوئية والحرارية وغير ذلك.
حلقة الانتقال الأولى بين الفقاريات اللافقاريات لابد أنها كانت كائناً يشبه إلى حد كبير حيوان السهم، ولم يكن لهذا الكائن هيكل داخلي، لكنه كان مزوداً تحت النخاع الشوكي بجهاز عصبي مركزي، عبارة عن خيط من الخلايا المرنة يسمى الحبل العصبي، ومن هذا الكائن البدائي الذي يشبه السهم نشأت الأسماك الغضروفية الأولى، التي تطورت فيما بعد إلى الأسماك العظمية، وتكونت فقرات حول الحبل العصبي لحمايته من الأخطار التي تنتج عن الحركة السريعة التي كانت تقتضيها حياة هذه الأسماك في الماء، ثم تضخم الجزء الأمامي من حبلها العصبي ليكوّن المخ. ونشأت الخياشيم فيما بعد متطورة من الجزء الأمامي من القناة الهضمية في السهيم البدائي، الذي كان يعمل كجهاز للتنفس يمتص الأكسجين المذاب في الماء ويحوله إلى الدم.
بسبب التطور الفجائي العظيم الذي مرت به اللافقاريات خلال العصر السلوري، يرجح أن التريلوبيتا أو ثلاثية الفصوص اضطرت إلى أن توسع مجال حياتها، وأن تزيد من سرعة حركتها، حتى يتسنى لها ضمان البقاء في صراعها مع غيرها من الكائنات البحرية، ويبدو أن بعضها نجح في التلاؤم مع الظروف الجديدة.
وتتطلب سرعة الحركة في الماء شكلاً خاصاً للجسم، يحقق أقل قدر من المقاومة، وتتطلب أيضاً جهازاً يساعد على الاندفاع في الماء، فكان شكل السمكة نتيجة حتمية لظروف البيئة التي عاشت فيها الأسماك الأولى. وهكذا تطورت اللافقاريات إلى هيئة الأسماك المعروفة برؤوسها المدببة التي تتصل بالجسم اتصالاً مباشراً دون عنق. كما بدأ الجزء الخلفي يتدرج في الانحدار عند الوسط، حتى يصل إلى نهاية مدببة عند الذنب، وتطلب الأمر وجود قائمة على نهاية الجسم تساعد سرعة الحركة، فكان لابد أن تتشابه الزعنفة الذيلية، كما دعمت الزوائد الزعنفية الصدرية بأشعة قوية قصيرة تساعد السمكة على السباحة السريعة.
و خلال العصر الديفوني -أي منذ حوالي ثلاثمائة وخمسين مليون عام- حدثت في القشرة الأرضية تغيرات هائلة، نتج عنها أن تطورت الكائنات الحية التي كانت موجودة حينذاك؛ حتى تتلاءم مع ظروف الحياة الجديدة، وحين تعاقبت على الكرة الأرضية فترات من المطر الشديد، وفترات من الجفاف والحرارة، كان على الأسماك أن تتطور حتى تتلاءم مع الظروف المحيطة بها، فكان أن تتطورت إلى أسماك رئوية تستطيع أن تبني لنفسها في الطين جحراً تعيش فيه، وبها ثقب يدخل منه الهواء الجوي، وكانت تبقى في جحورها حتى تجتاز الجفاف، ثم تعاود حياتها في الماء عند هطول الأمطار. وكانت هذه الأسماك الرئوية تنتمي إلى صف الأسماك المصلبة الأجنحة وفيها نشأت البرمائيات، كالضفدع والسلمندر.
وقد كانت هناك عدة أنواع من ذوات الغلاصم الكيسية، منها صفّان عاشتا خلال العصرين السلّوري والديفوني، هما الأناسبيدا وكانت تعيش على القاع، ولها درع عظمي صلب يغطي جزءها الأمامي عند الرأس.
وهناك صفات مميزة في تركيب الجسم تدعو إلى الاعتقاد بأن سمك الجلكي والسمك المخاطي - وهما من الأسماك عديمة الفكوك- هما السلالة المباشرة الباقية لهذه الكائنات البائدة التي بدأ حجمها صغيراً لا يتجاوز بضعة سنتيمترات، ثم ازدهرت في العصرين الديفوني والعصر الكربوني الأدنى، حيث عثر على حفريات من الأسماك المدرعة الرؤوس يبلغ طولها أكثر من ستة أمتار، يرجح أنها أسلاف سمك القرش الذي وجدت له حفريات منوعة مبعثرة في العصرين السلّوري الأعلى والديفوني الأدنى، مما يدل على أن أسماك القرش جاءت بعد الأسماك ذات الغلاصم الكيسية.
من المعتقد أن الأسماك الأصلية، وهي الأسماك العظمية، كانت امتداداً لتطور أحد فروع سمك القرش في أوائل العصر السلّوري، وأقدم فصيلة معروفة من هذه الأسماك هي الحفشيات الأولية التي كانت موجودة في خلال العصر الديفوني، ووصلت إلى أوج نموها خلال العصر الكربوني، وبقيت حتى نهاية العصر الجوراسي وما زالت هناك فصائل قليلة تنتمي إلى هذه الحفشيات الأولية تعيش حتى وقتنا هذا. إلا أن الرتب التي تكون معظم الأسماك العظمية الباقية للآن لم تظهر في الحقب المتوسطة، وكان تطورها سريعاً ويتمثل معظمها في العصر الإيوسيني وفي بداية الحقب الحديث.
و تعرف العصور الثلاثة المتأخرة في الحقب القديم بعصر الأسماك، وهي العصر السيلوري والديفوني والكربوني ولكن الأسماك الحقيقية أو العظمية لم تبلغ أوج حياتها إلا في العصر الكربوني ولم تظهر أنواع يمكن مقارنتها بالأسماك الموجودة الآن إلا في عصر الزواحف الذي جاء بعد ذلك، كما لم تظهر الفصائل السائدة للآن إلا في عصر الزواحف الذي جاء بعد ذلك، كما لم تظهر الفصائل السائدة للآن إلا في عصر الثدييات وهو أحدث هذه العصور الجيولوجية.
هناك من أنواع الأسماك العظمية الآن ما يفوق في العدد أي شعبة من شعب الحيوانات الفقارية الأخرى، وتتعدد فيها الأشكال والأحجام والألوان كما يختلف بعضها عن بعض في كثير من الأحيان اختلافاً كبيراً في تركيبها الداخلي، وتعيش في جميع البيئات المائية.